Ayasofya’nın haşmeti yüzünden turistik ziyaretlerde genelde gözden kaçan padişah türbelerinde 5 padişah ve aileleri Osmanlı sanatının zarafetini yansıtan muhteşem türbelerde ebedi bir ihtişam içerisinde yatarken, babalarına eşlik eden genç şehzadelerin mezarları bugün bile yürek burkan bir dramın anısını bugüne taşımaktadır.
Öncesinde bir Bizans katedrali olduğu halde fetih sonrası II. Mehmed tarafından camiye dönüştürülen İstanbul Ayasofya, I. Murat döneminden itibaren benimsenen padişahların Bursa ve İstanbul’da kendi inşa ettirdikleri külliyelere gömülmesi geleneğini terk eden II. Selim ve sonrasında III. Murad, III. Mehmed ve şehzadeleri ile I. Mustafa’nın buraya gömülmesi ile hanedan türbesi özelliği kazanmıştır. 1572 -1639 yılları arasında, dört yeni türbenin inşa edilmesi ve eski vaftizhanenin türbeye dönüştürülmesiyle, Ayasofya avlusunun bir kısmı Osmanlı hanedanı mezarlığı haline gelmiştir. Bazıları Mimar Sinan tarafından yapılan türbeler ortak motifleri paylaşmasına rağmen hiçbiri birbirine benzememektedir. II. Selim Ayasofya etrafında mutfak ve tuvaletlerinden sızan suyla yapıya zarar veren kerpiç binaları yıktırarak ve payandalar ekleyerek camiyi kuvvetlendirmekle kalmamış, fazladan iki minare ve medrese de inşa ettirmişti. Hanedan türbelerinin inşa edildiği yaklaşık 50 yıllık süreçte böylece minare sayısı dörde yükselirken, türbelerin önüne bir ihata duvarı inşa edilmişti. II. Selim, Ayasofya’yı külliyeye dönüştürmek istediyse de arzusu ancak ölümünden sonra III. Murad tarafından gerçekleştirilebilmiştir. Ayasofya’nın restorasyonu 1573 yılında Mimar Sinan tarafından başlatılmış, ihata duvarı ve şadırvan inşaatıyla Justinianus’un katedrali İstanbul’daki diğer sultan camileri gibi bir avluya sahip olmuştur.
Kapıları halka açık olan türbelerde merhumlar, sandukalarının üzerine örtülen zümrüt yeşili örtüler aracılığıyla haysiyetlerini ve mahremiyetlerini koruyorlar. Süslü çinilerle dolu geniş alanda bekleyen bu ebedi aile türbesi detaylara ne kadar dikkat edilirse o denli insanı etkilemektedir. Sultan II. Selim’in türbesinde kapının sol tarafındaki ince mavi çinilerin renginin daha açık mavi görünmesi dikkat çekmektedir. Bunun sebebi 1895’te Fransız uyruklu Albert Dorigny tarafından orijinalleri kaldırılıp, restorasyon için Fransa’ya gönderildiklerinde bir şekilde geri dönemeden o günden beri Paris’te Louvre Müzesi’nde sergilenmeleridir. Bu yüzden türbe kapısındaki uçuk mavi çiniler, karşı kapıdaki orijinallerle uyum içinde görünmemektedir. Tek tip yeşil örtülerin altında biririne benzer görünemelerine karşın her birinin ayrı bir hikayesi olan sandukaların bazıları bir insanlık dramını gizlemektedir. II. Selim’in mezarının küçük yaşta öldükleri anlaşılan aile üyeleriyle dolu olması dikkat çekicidir. Türbede II. Selim’den başka eşi Nurbanu Sultan, kızları Gevherhan, İsmihan, Fatma sultanlar ile şehzadeleri Süleyman, Osman, Cihangir, Mustafa, Abdullah ve III. Murad’ın oğulları ve kızları da yatmaktadır. Türbede günümüzde 42 sanduka mevcuttur.
1574’te III. Murad’ın tahta geçmesini sağlamak için bir gecede Selim’in beş küçük oğlunun öldürüldüğü gerçeğiyle üzerinde bu konuda bilgi notu olmayan bu sandukalara bakınca yüzleşiriz. Bununla birlikte Osmanlı hanedan tarihinin en büyük dramı III. Murad’ın 1595’te ölümünden sonra yine Ayasofya’da babalarının yanında yatan 19 oğlunun aralarından en büyüğünün tahta geçmesi amacıyla öldürülmesiyle gerçekleşmiştir ki bu olaydan sonra korkunç kardeş katli uygulamasına son verilmiştir. III. Murad’ın oğlu III. Mehmed’in emriyle Mimarbaşı Davud Ağa tarafından bu türbe inşa edilmeye başlanmış, 1599’da Dalgıç Ahmed Ağa tarafından tamamlanmış ardından beş şehzadenin medfun olduğu Şehzadegân Türbesi’yle birleştirilmiştir. Sultan Murad’dan başka eşi Safiye Sultan, 20 oğlu ve 23 kızıyla birlikte III. Mehmed’in iki kızı ve üç şehzadesi, I. Ahmed’in oğlu Kasım ile Sultan İbrahim’in bir oğlu ve iki kızıyla birlikte toplam 54 kişi yatmaktadır.
Tahttan indirildikten sonra hapsedilen ancak 15 gün sonra 20 Ocak 1639’da bir sara krizi sırasında vefat eden I. Mustafa Evliya Çelebi’nin babası saray kuyumcusu Mehmed Zılli’nin tavsiyesiyle fetih sonrasında kandil yağlarının depolandığı bir yer olarak kullanılan Ayasofya’nın eski vaftizhanesine defnedilmiştir. Böylece ilk defa bir padişaha ayrı bir türbe yapılmamış bir gelenek terk edilmişti. Sultan İbrahim de 1648’de öldürülünce Ayasofya’da amcası Sultan Mustafa’nın yanına gömülmüştür. Sonradan Sultan İbrahim’in oğlu Şehzade Selim, IV. Mehmed’in oğlu Şehzade Selim, II. Ahmed’in oğlu Şehzade İbrahim, Sultan I. Ahmed’in kızları, Hanzâde Sultan ve Âtike Sultan ve IV. Murad’ın kızı Kaya ve İsmihan Sultan olmak üzere 18 hanedan mensubu da buraya gömülmüştür.
150 kadar hanedan mensubunun mezarını barındıran Ayasofya’daki Padişah Türbeleri Cumhuriyeti döneminde uzun süre kapalı kalmakla birlikte 2009 yılında ziyarete açılmıştır.
